本作品為《魔法禁書目錄》外傳作品，以學園都市暗部組織「道具（Item）」為主角所展開的故事。位於東京西部的巨大「學園都市」。總人口達二百三十萬人，其中約八成為學生。在這座都市裡，為了開發超能力而設有特殊課程，學生們的能力依照等級，從「無能力（Level 0）」到「超能力（Level 5）」共分為六個等級。這座擁有遠超世間常識的科學技術，人人都能被賦予科學能力並安全生活的夢幻般教育機構——在那份和平的背後，卻存在著一群負責處理絕不會公開於世的骯髒工作的「暗部」組織。「道具」—

時光流轉，三年後———雷伊以學院唯一的普通家庭（Ordinary）出身，進入了聚集全世界菁英魔術師的亞諾爾德魔術學院。入學之初，雷伊受到貴族出身的魔術師們輕蔑的目光。然而在挺身對抗盯上菁英魔術師的組織「優生機關（Eugenics）」的陰謀過程中，他向周遭證明了實力，逐漸贏得信賴。歷經重重試煉，在學院找到無可取代的夥伴與自己的歸屬之後，雷伊接下來將挑戰的，是跨越學院界線，由三人組成一隊進行對戰的大規模魔術戰（Magics War）！然而，不祥的陰影也正悄悄逼近雷伊與他的夥伴們……