故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。　　梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一

某日，神秘的侵略者伊洛斯降临地球四处作恶，搅得全世界都不得安宁，在这个节骨眼上，被称为“星守”的18名少女们挺身而出，为了重建人类的和平而赌上了性命开始战斗。这18名少女是由御神木“神树”钦点而来，身上穿着神树授予的“星衣”，因此获得了特殊的力量。　　天真烂漫个性开朗的星月美纪（洲崎绫 配音）、温柔成熟，稳重体贴的成海遥香（雨宫天 配音）、大大咧咧活泼好动的天野望（东山央奈 配音）、贯彻着偶像人设的煌上花音（本渡枫 配音）、拥有魔鬼身材仿佛大人一般的芹泽莲华（南条爱乃 配音），这些女孩子们将夺回被污染

文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。　　作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。　　刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。　　与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。　　刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵