《Fate/kaleid liner 魔法少女☆伊莉雅》的故事以伊莉雅為主角，她原本是一個就讀穗群原學園的普通女孩子，有一天自稱人工天然精靈的魔法露比萬花筒之杖突然飛了進來，強制地被繫結契約，成為魔法少女伊莉雅。被萬花筒之杖原持有者的魔術師遠坂凜的命令之下，被迫幫忙回收階級卡片……

收集完八張卡片的伊莉雅等人，原本以為可以快樂地度過所剩無幾的暑假，但突如其來的異常再次打破寧靜的日常。為了營救遭綁架的夥伴，伊莉雅等人冒險進入寒冬時節的冬木市──平行世界，而那裡也是美遊所出生的世界...

动画第2季《Fate/kaleidliner》（魔法少女伊莉雅2wei）将是漫画版《Fate/kaleidliner魔法少女伊莉雅2wei》的内容，紧接第一季，继续讲述自回收卡片作战过后数周以来，伊莉

30年前出現的未知「侵略性外來生物」，曾一度讓世界幾近毀滅。人類與被稱為「侵略種」的生物相互爭奪生存空間，如今雖勉強確保了人類的安全，但世界依然隨時可能再度走向滅亡。人們在對死亡與滅亡的恐懼之中，過著對危機與災害視而不見的日常生活。就在這樣的世界裡，聯合國危險生物調查機構「EXCEEDS」，為了驅退侵略種帶來的危機與災害開始行動。故事的起點，是極東島國「瑞穗」。在離島生活的侵略種清除獵人少女久瀨詩奈（シイナ）。詩奈渴望與唯一的家人妹妹剎那（セツナ）靜靜生活，而即將降臨在她身

「魔法少女——她們既強大又帥氣，行動靈活。是眾人所嚮往的，收入豐厚且深受歡迎，一個體面且值得尊敬的職業。」在求職活動中苦戰，未能得到任何工作內定的女大學生櫻木花奈。她因為「覺得自己不被社會所需要」而喪失了自信。有一天，在去面試的路上，她意外捲入了被稱為「怪異」的自然災害之中。就在她陷入危境之時，一位散發不良氣質的魔法少女越谷仁美救了她。戰鬥之中，花奈用她天生的記憶力協助與怪異戰鬥的越谷，因此被發現有作為魔法少女的才能，而成為新創企業魔法光源股份有限公司的新員工！她心懷人命與公司的責

冷酷無情的邪惡組織參謀，某天遇見了與之對抗的魔法少女，然後對魔法少女一見鍾情了。從此邪惡參謀在策劃統治世界時也不忘買甜點蛋糕送魔法少女吃、在計畫奴役人類時也不忘關心魔法少女、在壯大邪惡組織勢力的同時也不忘和魔法少女打情罵俏。同事來幫忙就扯同事的後腿、部下抓住魔法少女就放走魔法少女，一場最殘忍最傲嬌最悲戚最可愛的正與邪的搞笑戰鬥，在此揭開序幕！

21世紀已過半，世界各國都有英雄，各具特色且擁有超人般的力量！然而日本的英雄「SHY」卻是個極度靦腆怕羞的人，雖然不善於面對眾人、社會的眼光，但還是在苦惱之中努力解救需要幫助的人！

有一天，在地球上突然出现了一个巨大的飞行物，好像要征服地球似的。在世界中敢出来挑战此巨大飞行物的军队等皆被击败了，但只要不去招惹它们皆平安无事。不明飞行物，包括飞行物内的机器人在小镇中悠闲的飞来飞去。