30年前出現的未知「侵略性外來生物」，曾一度讓世界幾近毀滅。人類與被稱為「侵略種」的生物相互爭奪生存空間，如今雖勉強確保了人類的安全，但世界依然隨時可能再度走向滅亡。人們在對死亡與滅亡的恐懼之中，過著對危機與災害視而不見的日常生活。就在這樣的世界裡，聯合國危險生物調查機構「EXCEEDS」，為了驅退侵略種帶來的危機與災害開始行動。故事的起點，是極東島國「瑞穗」。在離島生活的侵略種清除獵人少女久瀨詩奈（シイナ）。詩奈渴望與唯一的家人妹妹剎那（セツナ）靜靜生活，而即將降臨在她身

「魔法少女——她們既強大又帥氣，行動靈活。是眾人所嚮往的，收入豐厚且深受歡迎，一個體面且值得尊敬的職業。」在求職活動中苦戰，未能得到任何工作內定的女大學生櫻木花奈。她因為「覺得自己不被社會所需要」而喪失了自信。有一天，在去面試的路上，她意外捲入了被稱為「怪異」的自然災害之中。就在她陷入危境之時，一位散發不良氣質的魔法少女越谷仁美救了她。戰鬥之中，花奈用她天生的記憶力協助與怪異戰鬥的越谷，因此被發現有作為魔法少女的才能，而成為新創企業魔法光源股份有限公司的新員工！她心懷人命與公司的責